Istnienie Sekretariatu Misyjnego jest podyktowane potrzebą stworzenia zaplecza duchowego, modlitewnego, a także materialnego dla misjonarzy i ludności z terenów misyjnych. Oprócz wszechstronnej pomocy misjonarzom do podstawowych zadań Sekretariatu należy animacja ludzi świeckich do odpowiedzialności za misje, zachęcenie ich, by wspierali dzieło misyjne modlitwą, ofiarą własnych cierpień i ofiarą materialną. Dokonuje się tego poprzez niedziele misyjne organizowane w parafiach, rekolekcje adwentowe i wielkopostne. Dla współpracowników misyjnych organizowane są rekolekcje zamknięte i dni skupienia.
25 marca 1993 r., aby łatwiej sprostać stojącym przed nimi zadaniom, polscy pallotyni podzielili się na dwie prowincje: Chrystusa Króla i Zwiastowania Pańskiego. Nastąpił także podział Sekretariatu Misyjnego oraz terenów misyjnych. Przy Prowincji Chrystusa Króla pozostali misjonarze pracujący w Rwandzie, Zairze, na Wybrzeżu Kości Słoniowej oraz parafie na Ukrainie. Prowincja Zwiastowania Pańskiego objęła wsparciem delegatury misyjne w Brazylii (wraz z prokurą w Portugalii), Korei Południowej i Papui Nowej Gwinei oraz parafie pallotyńskie na Białorusi.
W 1997 r. ukazał się również pierwszy numer kwartalnika „HORYZONTY MISYJNE”. Celem tego, bogato ilustrowanego, czasopisma jest przybliżanie ludziom problematyki Kościoła misyjnego, zainteresowanie sprawami terenów misyjnych, a także budzenie świadomości i zrozumienia potrzeby pełniejszego zaangażowania się w dzieło ewangelizacji.